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Allineamento di sequenze

Indice Allineamento di sequenze

L'allineamento di sequenze è una procedura bioinformatica con cui vengono messe a confronto ed allineate due o più sequenze primarie di aminoacidi, DNA o RNA.

24 relazioni: Algoritmo di Smith-Waterman, Amminoacido, Basic local alignment search tool, Bioarchitettura, Bioinformatica, Conservazione, Distanza di Hamming, Distanza di Levenshtein, DNA, Evoluzione, Filogenesi, Indel, Journal of Molecular Biology, Matrice, Mutazione genetica, Omologia, Point accepted mutation, Programma (informatica), Programmazione dinamica, Proteine, RNA, Sostituzione, Struttura primaria, T-Coffee.

Algoritmo di Smith-Waterman

L'algoritmo di Smith–Waterman è un algoritmo di bioinformatica pensato per l'allineamento di sequenze, cioè la determinazione del grado di similarità (detta anche omologia) di sequenze nucleotidiche o proteiche.

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Amminoacido

In chimica gli amminoacidi (impropriamente chiamati anche aminoacidi o amino acidi) sono molecole organiche che nella loro struttura recano sia il gruppo funzionale amminico (delle ammine) (-NH2) denominato N terminus, sia quello carbossilico (degli acidi carbossilici) (-COOH) denominato C terminus. Proprio per questo sono molecole anfotere o zwitterioni, poiché presentano contemporaneamente un gruppo acido (-COOH) e un gruppo basico (-NH2).

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Basic local alignment search tool

In bioinformatica, BLAST (Basic Local Alignment Search Tool, ovvero strumento di ricerca di allineamento locale) è un algoritmo usato per comparare le informazioni contenute nelle strutture biologiche primarie, come ad esempio le sequenze proteiche o le sequenze nucleotidiche delle molecole di DNA.

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Bioarchitettura

La bioarchitettura è l'insieme delle discipline dell'architettura che presuppongono un atteggiamento ecologicamente corretto nei confronti dell'ecosistema.

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Bioinformatica

La bioinformatica è una disciplina scientifica dedicata alla risoluzione di problemi biologici a livello molecolare con metodi informatici.

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Conservazione

* Conservazione della natura.

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Distanza di Hamming

Nella teoria dell'informazione, la distanza di Hamming tra due stringhe di ugual lunghezza è il numero di posizioni nelle quali i simboli corrispondenti sono diversi.

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Distanza di Levenshtein

Nella teoria dell'informazione e nella teoria dei linguaggi, la distanza di Levenshtein, o distanza di edit, è una misura per la differenza fra due stringhe.

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DNA

L'acido desossiribonucleico o deossiribonucleico (in sigla DNA, dall'inglese DeoxyriboNucleic Acid; meno comunemente ADN, secondo la sigla italiana equivalente) è un acido nucleico che contiene le informazioni genetiche necessarie alla biosintesi di RNA e proteine, molecole indispensabili per lo sviluppo ed il corretto funzionamento della maggior parte degli organismi viventi.

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Evoluzione

In biologia, con il termine evoluzione, si intende il cambiamento, all'interno di una popolazione, delle caratteristiche ereditabili col passare delle generazioni.

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Filogenesi

La filogenesi o filogenetica o filogenia, (dal greco φυλή e ɣένεσις), è il processo di ramificazione delle linee di discendenza nell'evoluzione della vita.

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Indel

In biologia molecolare (in contesto evolutivo) il termine Indel si usa come abbreviazione di un evento di mutazione/ricombinazione che può far parte di due classi: una inserzione (insertion) o una cancellazione (deletion) che possono essere avvenute nel corso degli anni e che hanno prodotto delle differenze negli individui (più in generale nelle sequenze di DNA) in esame.

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Journal of Molecular Biology

Journal of Molecular Biology è una rivista accademica edita da Elsevier che si occupa di biologia molecolare.

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Matrice

In matematica, in particolare in algebra lineare, una matrice è una tabella ordinata di elementi.

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Mutazione genetica

Per mutazione genetica si intende ogni modifica stabile ed ereditabile nella sequenza nucleotidica di un genoma o più generalmente di materiale genetico (sia DNA che RNA) dovuta ad agenti esterni o al caso, ma non alla ricombinazione genetica.

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Omologia

L'omologia (dal greco homoios, cioè "simile, uguale" e logos, "discorso") è la corrispondenza logica tra due cose, per cui ciò che accade in una accade anche nell'altra, a motivo della stessa logica.

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Point accepted mutation

PAM, acronimo di Point Accepted Mutation o Percent Accepted Mutation, indica un insieme di matrici di sostituzione usate in bioinformatica per l'allineamento di due sequenze di caratteri (nucleotidi o aminoacidi).

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Programma (informatica)

Un programma, in informatica,è un software che può essere eseguito da un elaboratore per ricevere in input determinati dati di un problema automatizzabile e restituirne in output le (eventuali) soluzioni.

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Programmazione dinamica

In Informatica la programmazione dinamica è una tecnica di progettazione di algoritmi basata sulla divisione del problema in sottoproblemi e sull'utilizzo di sottostrutture ottimali.

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Proteine

In chimica, le proteine (o protidi) sono macromolecole biologiche costituite da catene di amminoacidi legati uno all'altro da un legame peptidico (ovvero un legame tra il gruppo amminico di un amminoacido e il gruppo carbossilico dell'altro amminoacido, creato attraverso una reazione di condensazione con perdita di una molecola d'acqua).

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RNA

In chimica l'acido ribonucleico, in sigla RNA (dall'inglese RiboNucleic Acid), meno comunemente ARN (sigla italiana equivalente), è una molecola polimerica implicata in vari ruoli biologici di codifica, decodifica, regolazione e l'espressione dei geni.

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Sostituzione

Nessuna descrizione.

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Struttura primaria

In biochimica, la struttura primaria di una biomolecola è la descrizione esatta della sua composizione atomica e dei legami presenti tra gli atomi (inclusa la stereochimica).

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T-Coffee

T-COFFEE (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) è un programma di bioinformatica utilizzato per l'allineamento multiplo di sequenza basato su un approccio progressivo.

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Riorienta qui:

Allineamento multiplo di sequenza.

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