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Grafico di Ramachandran

Indice Grafico di Ramachandran

raggi di van der Waals dei gruppi laterali come avviene nel caso delle α eliche sinistrorse. Il grafico di Ramachandran, ideato da Gopalasamudram Narayana Iyer Ramachandran, è un metodo di visualizzazione delle combinazioni degli angoli diedri Ψ (psi) e Φ (phi) dei residui amminoacidici ammesse all'interno di una struttura polipeptidica e ne identifica quindi tutte le conformazioni assumibili.

19 relazioni: Alfa elica, Amminoacido, Angolo diedro, Dominio C-terminale, Dominio N-terminale, Foglietto β, Glicina, Gopalasamudram Narayana Iyer Ramachandran, Ingombro sterico, Isomeria cis-trans, Legame peptidico, Leucina, Polisaccaridi, Proiezione di Newman, Prolina, Protein Data Bank, Raggio di van der Waals, Struttura secondaria, Unione internazionale di chimica pura e applicata.

Alfa elica

Rappresentazione di una α-elica composta da residui di alanina L'alfa elica (α elica) è una struttura secondaria elicoidale delle proteine ipotizzata da Linus Pauling e Robert Corey nel 1951, e rappresenta la più semplice disposizione che una catena polipeptidica può assumere.

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Amminoacido

In chimica gli amminoacidi (impropriamente chiamati anche aminoacidi o amino acidi) sono molecole organiche che nella loro struttura recano sia il gruppo funzionale amminico (delle ammine) (-NH2) denominato N terminus, sia quello carbossilico (degli acidi carbossilici) (-COOH) denominato C terminus. Proprio per questo sono molecole anfotere o zwitterioni, poiché presentano contemporaneamente un gruppo acido (-COOH) e un gruppo basico (-NH2).

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Angolo diedro

L'angolo diedro è una possibile estensione del concetto di angolo in uno spazio a tre dimensioni.

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Dominio C-terminale

Il dominio C-terminale (abbreviato come CTD) di una proteina o di un polipeptide è l'estremità di una catena di amminoacidi che termina con un gruppo carbossilico.

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Dominio N-terminale

Il dominio N-terminale (abbreviato come NTD) di una proteina o di un polipeptide è l'estremità di una catena di amminoacidi che termina con un gruppo amminico.

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Foglietto β

Il β-foglietto o foglietto beta o struttura β a pieghe è la seconda forma più diffusa di struttura secondaria delle proteine (la prima è l'alfa elica), che consiste di più filamenti β disposti uno accanto all'altro e collegati tra loro da tre o più legami idrogeno che formano una struttura planare molto compatta.

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Glicina

La glicina è un amminoacido non polare.

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Gopalasamudram Narayana Iyer Ramachandran

È conosciuto per il suo lavoro che ha portato alla creazione del grafico di Ramachandran, utile a comprendere la struttura peptidica.

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Ingombro sterico

Modello molecolare della tri-''t''-butilammina, una molecola ad alto ingombro sterico nella quale l'atomo di azoto non riesce a mostrare la sua tipica reattività L'ingombro sterico, in chimica, è il fenomeno prodotto dalla repulsione elettrostatica reciproca tra le nubi elettroniche degli atomi e dei legami che formano una molecola dovuta alla loro sovrapposizione o eccessivo avvicinamento.

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Isomeria cis-trans

L'isomeria cis-trans è un tipo di isomeria.

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Legame peptidico

Il legame peptidico (o giunto peptidico) è il legame chimico responsabile dell'unione degli amminoacidi e della conseguente formazione di peptidi e proteine.

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Leucina

La leucina è un amminoacido apolare, la sua molecola è chirale.

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Polisaccaridi

I polisaccaridi costituiscono una classe di composti chimici organici appartenente alla classe più ampia dei glucidi (detti anche carboidrati).

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Proiezione di Newman

conformeri ''gauche'', ''anti'' e quello ''eclissato''. La proiezione di Newman è un metodo utilizzato per la rappresentazione grafica di una struttura molecolare che consiste in una proiezione frontale lungo il legame tra due atomi, legame che è nascosto, con i legami che si dipartono dall'atomo anteriore che giungono al centro della proiezione mentre i legami che si dipartono dall'atomo posteriore sono indicati parzialmente.

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Prolina

La prolina è un amminoacido apolare.

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Protein Data Bank

Il Protein Data Bank (PDB) è un archivio per dati di struttura in 3-D di proteine e acidi nucleici.

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Raggio di van der Waals

Il raggio di van der Waals di un atomo è il raggio di un'immaginaria sfera che può essere usata come modello dell'atomo per vari scopi.

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Struttura secondaria

La struttura secondaria di una proteina può essere di tre diversi tipi: α-elica, struttura β e tripla elica allungata.

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Unione internazionale di chimica pura e applicata

L'Unione internazionale di chimica pura e applicata (in inglese International Union of Pure and Applied Chemistry, acronimo IUPAC) è un'organizzazione non governativa internazionale, dedita al progresso della chimica.

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Riorienta qui:

Plot di Ramachandran.

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