Il doppio maschile del torneo di tennis Heineken Trophy 1999, facente parte dell'ATP Tour, ha avuto come vincitori Leander Paes e Jan Siemerink insieme a Ellis Ferreira con David Rikl sono arrivati in finale, che non si è disputata per pioggia.
L'edizione 1999 dell'ATP Tour è iniziata il 4 gennaio con il South Australian Open e il Qatar Open e si è conclusa il 29 novembre con la Finale di Coppa Davis.