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JOELib

Indice JOELib

JOELib è un software libero, un sistema esperto chimico usato principalmente per convertire il formato di file chimici. Data la sua forte relazione con l'informatica, questo programma appartiene più alla categoria della chemioinformatica che della modellistica molecolare.

Indice

  1. 29 relazioni: Chemical Markup Language, Chemioinformatica, Chemistry Development Kit, Cricca (teoria dei grafi), Data mining, Descrittore molecolare, File, GAUSSIAN, GNU General Public License, Informatica, J. R. R. Tolkien, Java (linguaggio di programmazione), Jmol, Libreria (software), Logo, MDL Molfile, Microsoft Windows, Modellistica molecolare, Molecola, MOPAC, OpenBabel, Query, Relazione quantitativa struttura-attività, Sistema esperto, SMILES, Software libero, Tengwar, Università di Tubinga, Unix.

  2. Software di chimica computazionale

Chemical Markup Language

Il Chemical Markup Language, CML, è un approccio utilizzato in chimica per la gestione delle informazioni riguardanti le molecole utilizzando strumenti come XML e Java.

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Chemioinformatica

La chemioinformatica è l'uso del computer e delle tecniche dell'informazione, applicate ad una serie di problemi nel campo della chimica. Queste tecniche in silico sono usate dalle compagnie farmaceutiche nel processo di scoperta dei nuovi farmaci.

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Chemistry Development Kit

Chemistry Development Kit, CDK, è una libreria Java open source per la chemioinformatica e la bioinformatica. È disponibile per sistemi Windows, macOS, Linux e Unix.

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Cricca (teoria dei grafi)

In teoria dei grafi, una cricca (o clique) è un insieme V di vertici in un grafo non orientato G, tale che, per ogni coppia di vertici in V, esiste un arco che li collega.

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Data mining

Lestrazione di dati o data mining è l'insieme di tecniche e metodologie che hanno per oggetto l'estrazione di informazioni utili da grandi quantità di dati (es. banche dati, data warehouse, ecc.), attraverso metodi automatici o semi-automatici (es. apprendimento automatico) e l'utilizzo scientifico, aziendale, industriale o operativo delle stesse.

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Descrittore molecolare

Un descrittore molecolare in chimica è un sistema per caratterizzare una molecola che permette di comparare molecole diverse e cercare molecole affini in una banca dati.

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File

Un file (dall'inglese, pronuncia, italianizzata in; traducibile come "fascicolo", o "archivio"), in informatica, è un contenitore di dati, tipicamente collocato in un file system, a sua volta registrato su un supporto di memorizzazione digitale.

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GAUSSIAN

GAUSSIAN è un programma di chimica quantistica inizialmente pubblicato da John Pople e dal suo gruppo di ricerca alla Carnegie-Mellon University nel 1970 come Gaussian70.

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GNU General Public License

La GNU General Public License (comunemente indicata con l'acronimo GNU GPL o semplicemente GPL) è una licenza fortemente copyleft per software libero, originariamente stesa nel 1989 da Richard Stallman per patrocinare i programmi creati per il sistema operativo GNU.

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Informatica

Linformatica è la scienza o disciplina che si occupa del trattamento dell'informazione mediante procedure automatizzate, avendo in particolare per oggetto lo studio dei fondamenti teorici dell'informazione, della sua computazione a livello logico e delle tecniche pratiche per la sua implementazione e applicazione in sistemi elettronici automatizzati detti quindi sistemi informatici; come tale è una disciplina fortemente connessa con la logica matematica, l'automatica, l'elettronica e anche l'elettromeccanica.

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J. R. R. Tolkien

Importante studioso della lingua inglese antica, è conosciuto principalmente per essere l'autore de Il Signore degli Anelli, Lo Hobbit e Il Silmarillion.

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Java (linguaggio di programmazione)

In informatica Java è un linguaggio di programmazione ad alto livello, orientato agli oggetti e a tipizzazione statica, che si appoggia sull'omonima piattaforma software di esecuzione, specificamente progettato per essere il più possibile indipendente dalla piattaforma hardware di esecuzione (tramite compilazione in bytecode prima e interpretazione poi da parte di una JVM) (sebbene questa caratteristica comporti prestazioni in termini di computazione inferiori a quelle di linguaggi direttamente compilati come C e C++ ovvero dunque perfettamente adattati alla piattaforma hardware).

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Jmol

Jmol è un visualizzatore open source che permette di visualizzare le strutture molecolare in 3D: mostra una rappresentazione in 3D di una molecola che può essere utilizzata come strumento di insegnamento, o in campi di ricerca quali chimica e biochimica.

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Libreria (software)

In informatica, una libreria, o più raramente biblioteca, è un insieme di funzioni o strutture dati predefinite e predisposte per essere riutilizzate da altri programmi software attraverso un'opportuna procedura di collegamento.

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Un logo (abbreviazione di logotipo; plurale "loghi", dal greco λόγος – logos che significa "parola" e τύπος – typos che invece significa "lettera") è la figura, che solitamente rappresenta un prodotto, un servizio, un'azienda, un'organizzazione, un gruppo musicale o altro ancora; tipicamente è costituito da un simbolo o da un marchio o da una versione o rappresentazione grafica di un nome o di un acronimo che prevede l'uso di un lettering ben preciso.

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MDL Molfile

MDL Molfile è un formato di file creato dalla MDL Information Systems e adesso di proprietà della Symyx Technologies, per la gestione dell'informazione riguardante gli atomi, legami, connettività e coordinate di una molecola.

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Microsoft Windows

Microsoft Windows (comunemente indicato come Windows) è una famiglia di ambienti operativi e sistemi operativi prodotta da Microsoft Corporation dal 1985, orientato a personal computer, workstation, server e smartphone; prende il nome dall'interfaccia di programmazione di un'applicazione a finestre (che si chiamano "windows" in lingua inglese), detta File Explorer.

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Modellistica molecolare

La modellistica molecolare comprende tutti i metodi teorici e le tecniche computazionali utilizzate per rappresentare o simulare il comportamento delle molecole.

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Molecola

In fisica e chimica, la molecola (dal latino scientifico molecula, derivato a sua volta da moles, che significa "mole", cioè "piccola quantità") è un'entità elettricamente neutra composta da due o più atomi uniti da un legame covalente.

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MOPAC

MOPAC (Molecular Orbital PACkage) è un programma usato in chimica computazionale che fa uso di algoritmi semi-empirici di chimica quantistica, come MINDO, MNDO, AM1, PM3, PM5, Sparkle/AM1, Sparkle/PM3 e RM1.

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OpenBabel

OpenBabel è un software libero, un sistema esperto chimico usato principalmente per la conversione di formati di file chimici. A causa della forte relazione con l'informatica questo programma appartiene più alla categoria della chemioinformatica rispetto a quella della modellistica molecolare.

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Query

In informatica, una query o interrogazione è un comando scritto dall'utente per ricavare informazioni riguardanti il contenuto di una base di dati.

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Relazione quantitativa struttura-attività

La relazione quantitativa struttura-attività, nota anche come QSAR dall'inglese "Quantitative structure-activity relationship", a cui talvolta ci si riferisce anche mediante il termine relazione quantitativa struttura-proprietà (QSPR), è una relazione matematica che esprime quantitativamente l'attività biologica di un farmaco in funzione di determinate caratteristiche chimico-fisiche o strutturali della molecola (ad esempio polarità, ingombro sterico, differenza di energia tra gli orbitali di frontiera ecc.).

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Sistema esperto

Un sistema esperto è un programma che cerca di riprodurre le prestazioni di una o più persone esperte in un determinato campo di attività, ed è un'applicazione o una branca dell'intelligenza artificiale.

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SMILES

SMILES (acronimo di Simplified Molecular Input Line Entry System) è un metodo per descrivere la struttura di una molecola usando una breve stringa ASCII.

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Software libero

Il software libero (dall'inglese free software o libre software) è un software distribuito sotto i termini di una licenza di software libero, che ne concede lo studio, l'utilizzo, la modifica e la redistribuzione.

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Tengwar

Le tengwar sono un sistema di scrittura artificiale ideato da John Ronald Reuel Tolkien come sistema di trascrizione dei principali Linguaggi di Arda.

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Università di Tubinga

L'Università di Tubinga, chiamata per esteso Università Eberhard Karl di Tubinga (in tedesco: Eberhard-Karls-Universität Tübingen, qualche volta chiamata in latino Eberhardina Carolina) è una università pubblica della città di Tubinga, nel Baden-Württemberg in Germania.

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Unix

Unix (ufficialmente registrato come UNIX) è un sistema operativo proprietario e portabile per computer. Originariamente sviluppato da un gruppo di ricerca presso i laboratori AT&T e Bell Laboratories, il team includeva luminari come Ken Thompson e Dennis Ritchie.

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Vedi anche

Software di chimica computazionale