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DNA ligasi

Indice DNA ligasi

La DNA ligasi è un enzima appartenente alla categoria delle ligasi, che catalizza la seguente reazione: ATP + (deossiribonucleotide)n + (deossiribonucleotide)m→ AMP + difosfato + (deossiribonucleotide)n+m L'enzima è quindi in grado di legare due frammenti di DNA che hanno subito una rottura a doppio filamento (ad esempio nei processi di riparazione del DNA).

Indice

  1. 25 relazioni: Antiparallelismo, Assemblaggio Gibson, Buffer TBE, Clonaggio, Complesso UvrABC, DNA, DNA complementare, DNA-binding protein, EcoRI, Enzima, Frammento di Okazaki, Inversione (cromosoma), Legame fosfodiesterico, Ligasi, Nanotecnologia del DNA, Phage display, Poli ADP-ribosio polimerasi, Replicazione del DNA, Riparazione per escissione di basi, Riparazione per escissione di nucleotidi, Senso (biologia molecolare), Sito di restrizione, Tecnologia del DNA ricombinante, Telomero, Vettori di clonazione.

Antiparallelismo

In biologia l'antiparallelismo è la caratteristica disposizione dei due filamenti della doppia elica del DNA. Questa caratteristica è essenziale per comprendere il meccanismo di replicazione del DNA: la DNA polimerasi è infatti in grado di leggere in direzione 3'-5' (numerazione degli atomi di carbonio del deossiribosio dello scheletro zucchero-fosfato del DNA) e quindi di allungare il filamento in direzione 5'-3'.

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Assemblaggio Gibson

L'assemblaggio Gibson® (in inglese Gibson assembly®) è un approccio di clonaggio che consente di unire tra loro vari frammenti di DNA in un'unica reazione isotermica.

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Buffer TBE

Il buffer TBE è una soluzione tampone usata nella preparazione di gel elettroforetici di agarosio per la separazione di frammenti di DNA risultanti dall'amplificazione di PCR, da protocolli di purificazione e da esperimenti di clonaggio.

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Clonaggio

Clonaggio, con riferimento a frammenti di DNA, è un insieme di metodi sperimentali nella biologia molecolare che descrive l'assemblaggio di molecole ricombinanti e, dunque, una serie di tecniche con le quali è possibile ottenere più copie di una determinata sequenza nucleotidica, non necessariamente di natura genica.

Vedere DNA ligasi e Clonaggio

Complesso UvrABC

Il complesso UvrABC è un complesso multienzimatico dall'attività endonucleasica. In Escherichia coli è coinvolto nella riparazione del DNA per escissione di nucleotidi.

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DNA

Lacido desossiribonucleico o deossiribonucleico (sigla DNA, dall'inglese DeoxyriboNucleic Acid) è l'acido nucleico che contiene le informazioni genetiche per lo sviluppo, l'omeostasi e la riproduzione di tutti gli esseri viventi conosciuti.

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DNA complementare

In biologia molecolare il DNA complementare (abbreviato in cDNA) è un DNA a doppia elica sintetizzato a partire da un campione di RNA messaggero maturo.

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DNA-binding protein

Con il nome di DNA-binding protein (dall'inglese proteina che lega il DNA, spesso abbreviato in DNAbp) si intende una proteina in grado di instaurare legami con il DNA.

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EcoRI

EcoRI (pronuncia "eco R uno") è un enzima di restrizione con attività endonucleasica isolato dalla specie E. coli. Eco nel nome dell'enzima nasce dalla specie da cui è stato isolato, mentre R rappresenta il ceppo specifico, in questo caso RY13.

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Enzima

In biochimica, si definisce enzima un catalizzatore dei processi biologici. Gli enzimi sono costituiti da proteine globulari idrosolubili in grado di catalizzare una reazione chimica similmente ai ribozimi, che invece sono costituiti da molecole di RNA.

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Frammento di Okazaki

Un frammento di Okazaki è un breve frammento di DNA sintetizzato attraverso la catalizzazione dalle DNA polimerasi (DNA polimerasi III) durante la replicazione del DNA da parte del filamento lento, e da un Primer di RNA.

Vedere DNA ligasi e Frammento di Okazaki

Inversione (cromosoma)

Nella biologia molecolare l'inversione è di solito una mutazione cromosomica, ovvero comprendente un lungo tratto di DNA. Tale mutazione consiste nella rottura del filamento di DNA in due punti; il frammento così ottenuto viene reincorporato, grazie alla riparazione ad opera di specifici enzimi (come le DNA ligasi), nel cromosoma, ma viene invertito di orientamento.

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Legame fosfodiesterico

Rappresentazione di legami fosfodiesterici tra nucleotidi in un filamento di DNA Il legame fosfodiesterico (o fosfodiestereo) è un tipo di legame covalente in cui un atomo di fosforo è collegato a due altre molecole tramite due legami esteri.

Vedere DNA ligasi e Legame fosfodiesterico

Ligasi

In biochimica, una ligasi (-dal verbo latino ligāre, "legare") è un enzima che catalizza la formazione del legame tra due molecole in modo da formare una nuova molecola a partire dalle prime due, spesso accompagnato dall'idrolisi di una molecola come ATP.

Vedere DNA ligasi e Ligasi

Nanotecnologia del DNA

La nanotecnologia del DNA è un ramo della nanotecnologia che utilizza le singole proprietà di riconoscimento molecolare del DNA e altri acidi nucleici per creare strutture progettate, controllabili fuori dal DNA.

Vedere DNA ligasi e Nanotecnologia del DNA

Phage display

Phage display è una tecnica di laboratorio per lo studio delle interazioni proteina–proteina, proteina–peptide e proteina–DNA che usa dei batteriofagi (virus che infettano batteri) per collegare le proteine con le informazioni geniche che codificano per esse.

Vedere DNA ligasi e Phage display

Poli ADP-ribosio polimerasi

Poli ADP-ribosio polimerasi (PARP) è una famiglia di proteine coinvolte in alcuni processi inclusi la riparazione del DNA e apoptosi.

Vedere DNA ligasi e Poli ADP-ribosio polimerasi

Replicazione del DNA

Nella biologia molecolare, la replicazione del DNA è il processo biologico di produzione di due repliche di una molecola di DNA identiche all'originale.

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Riparazione per escissione di basi

Nell'ambito della biologia cellulare, il sistema di riparazione per escissione di basi (noto anche come "BER", dall'inglese base excision repair) è un sistema di riparazione di danni del DNA occorso a singole basi.

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Riparazione per escissione di nucleotidi

La riparazione per escissione di nucleotidi, (nota anche come ''NER, dall'inglese nucleotide excision repair) è un meccanismo di riparazione del DNA.

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Senso (biologia molecolare)

In biochimica, il concetto di senso si riferisce all'orientamento estremità-estremità di un singolo filamento di acido nucleico. Le convenzioni di nomenclatura degli anelli di zucchero contenuti nei nucleotidi hanno come diretta conseguenza la presenza di estremità 5′ ed estremità 3′.

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Sito di restrizione

Un sito di restrizione viene definito come una particolare sequenza di DNA (da 4 a decine di paia di basi in lunghezza) riconosciuta da un enzima di restrizione o endonucleasi come il punto in cui tagliare la molecola di DNA.

Vedere DNA ligasi e Sito di restrizione

Tecnologia del DNA ricombinante

La tecnologia del DNA ricombinante rientra nelle tecniche utilizzate in biologia molecolare e/o genetica molecolare per manipolare molecole di acidi nucleici, fondamentalmente il DNA.

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Telomero

Il telomero è la regione terminale di un cromosoma composta di DNA altamente ripetuto che protegge l'estremità del cromosoma stesso dal deterioramento o dalla fusione con cromosomi confinanti.

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Vettori di clonazione

I vettori di clonaggio sono particolari molecole di DNA, naturale o anche artificiale, impiegate nelle tecnologie molecolari di clonaggio. Esistono differenti tipi di vettori di clonaggio.

Vedere DNA ligasi e Vettori di clonazione

Conosciuto come DNA ligasi (ATP), Enzima che ripara il DNA, Enzima che ripara l'acido deossiribonucleico, Ligasi dell'acido deossiribonucleico, Polinucleotide sintasi.