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Deossiribonucleasi II (sito-specifica)

Indice Deossiribonucleasi II (sito-specifica)

Le desossiribonucleasi II (sito-specifiche) (solitamente note con il nome di enzimi di restrizione) sono una classe di enzimi, appartenente alla classe delle idrolasi, che catalizzano il taglio endonucleolitico del DNA per dare frammenti specifici a doppia elica con fosfati terminali al 5'.

Indice

  1. 62 relazioni: Amplified fragment length polymorphism, BioBrick, Biologia di sintesi, Biologia molecolare, Buffer TBE, Clonaggio, Cronologia di biologia e biochimica, Daniel Nathans, Diagnosi molecolare, DNA, DNA ligasi, DNA-binding protein, DNA-metiltransferasi sito specifica (specifica per citosina-N4), DNA-metiltransferasi sito-specifica (specifica per adenina), EcoRI, EcoRV, Elementi P, Elettroforesi su gel di agarosio, Endonucleasi, Enzima, Epigenetica, Fago T7, Genentech, Genetica, Genoteca, Hamilton Smith, Ingegneria genetica, Metilazione, Metiltransferasi, Mutagenesi sito specifica, Organismo geneticamente modificato, Plasmid Rescue, Polimorfismo (biologia), Polimorfismo a singolo nucleotide, Proteine, Reazione a catena della polimerasi, Recombineering, Repliconi autonomi, Ribonucleasi, Ribotipia, Ronald W. Davis, Salvatore Luria, Sequence-Tagged Sites, Sequenza Alu, Sequenze palindromiche, Sindrome di Prader-Willi, Sito di restrizione, Sito multiplo di clonaggio, Southern blot, Storia della biologia, ... Espandi índice (12 più) »

Amplified fragment length polymorphism

La AFLP-PCR o semplicemente AFLP è un'analisi basata sulla PCR utilizzata in genetica, per il DNA fingerprinting, ed in Ingegneria genetica.

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BioBrick

Vengono definiti come BioBrick delle sequenze di DNA standard che codificano ben definite strutture e funzioni, condividono un'interfaccia comune e sono progettate per essere composte e incorporate in cellule viventi, come Escherichia coli, per costruire nuovi sistemi biologici.

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Biologia di sintesi

Il termine biologia di sintesi (o biologia sintetica, dall'inglese synthetic biology) è una disciplina a cavallo tra ingegneria e biologia interessata a costruire sistemi biologici artificiali combinando conoscenze di chimica, biotecnologia, ingegneria genetica, biologia molecolare, biologia dei sistemi, ingegneria dei tessuti, biofisica, ingegneria chimica, bioinformatica, ingegneria elettrica e delle comunicazioni, biologia evoluzionistica e teoria dei controlli.

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Biologia molecolare

La biologia molecolare è la branca della biologia che studia gli esseri viventi a livello dei meccanismi molecolari alla base della loro fisiologia, concentrandosi in particolare sulle interazioni tra le macromolecole, ovvero proteine e acidi nucleici (DNA e RNA).

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Buffer TBE

Il buffer TBE è una soluzione tampone usata nella preparazione di gel elettroforetici di agarosio per la separazione di frammenti di DNA risultanti dall'amplificazione di PCR, da protocolli di purificazione e da esperimenti di clonaggio.

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Clonaggio

Clonaggio, con riferimento a frammenti di DNA, è un insieme di metodi sperimentali nella biologia molecolare che descrive l'assemblaggio di molecole ricombinanti e, dunque, una serie di tecniche con le quali è possibile ottenere più copie di una determinata sequenza nucleotidica, non necessariamente di natura genica.

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Cronologia di biologia e biochimica

Questa cronologia prende in considerazione i principali eventi di biologia e biochimica, partendo dalla preistoria fino ad arrivare ai giorni nostri.

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Daniel Nathans

Nacque a Wilmington, nel Delaware, ultimo di nove figli di genitori immigrati ebrei russi. Durante la grande depressione suo padre perse il lavoro e rimase disoccupato per un lungo periodo di tempo.

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Diagnosi molecolare

Diagnosi molecolare è un termine generale che ingloba un insieme di tecniche di biologia molecolare impiegate per l'identificazione e l'analisi di marcatori biologici nel genoma e proteoma.

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DNA

Lacido desossiribonucleico o deossiribonucleico (sigla DNA, dall'inglese DeoxyriboNucleic Acid) è l'acido nucleico che contiene le informazioni genetiche per lo sviluppo, l'omeostasi e la riproduzione di tutti gli esseri viventi conosciuti.

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DNA ligasi

La DNA ligasi è un enzima appartenente alla categoria delle ligasi, che catalizza la seguente reazione: ATP + (deossiribonucleotide)n + (deossiribonucleotide)m→ AMP + difosfato + (deossiribonucleotide)n+m L'enzima è quindi in grado di legare due frammenti di DNA che hanno subito una rottura a doppio filamento (ad esempio nei processi di riparazione del DNA).

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DNA-binding protein

Con il nome di DNA-binding protein (dall'inglese proteina che lega il DNA, spesso abbreviato in DNAbp) si intende una proteina in grado di instaurare legami con il DNA.

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DNA-metiltransferasi sito specifica (specifica per citosina-N4)

La DNA-metiltransferasi sito specifica (specifica per citosina-N4) è un enzima appartenente alla classe delle transferasi, che catalizza la seguente reazione: Si tratta in realtà di un ampio gruppo di enzimi, con specificità sovrapponibile a quella delle deossiribonucleasi I (sito-specifiche), delle deossiribonucleasi II (sito-specifiche) e delle deossiribonucleasi III (sito-specifiche) Una lista completa di tutti questi enzimi è disponibile presso la banca dati REBASE, gestita dal Premio Nobel Richard John Roberts.

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DNA-metiltransferasi sito-specifica (specifica per adenina)

La DNA-metiltransferasi sito-specifica (specifica per adenina) è un enzima appartenente alla classe delle transferasi, che catalizza la seguente reazione: Si tratta in realtà di un ampio gruppo di enzimi, con specificità sovrapponibile a quella delle deossiribonucleasi I (sito-specifiche), delle deossiribonucleasi II (sito-specifiche) e delle deossiribonucleasi III (sito-specifiche).

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EcoRI

EcoRI (pronuncia "eco R uno") è un enzima di restrizione con attività endonucleasica isolato dalla specie E. coli. Eco nel nome dell'enzima nasce dalla specie da cui è stato isolato, mentre R rappresenta il ceppo specifico, in questo caso RY13.

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EcoRV

EcoRV (pronuncia: eco R cinque) è una endonucleasi di secondo tipo isolata da specifiche linee di Escherichia coli. Spesso l'enzima viene anche definito Eco32I.

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Elementi P

In biologia molecolare, si definiscono elementi P (in inglese P elements) un tipo di elementi trasponibili presenti esclusivamente nel genoma del dittero Drosophila melanogaster.

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Elettroforesi su gel di agarosio

L'elettroforesi su gel di agarosio è una tecnica classicamente utilizzata per analizzare e separare acidi nucleici. Questa tecnica sfrutta le cariche presenti nelle molecole di DNA o RNA (caricate negativamente) per farle migrare, in un campo elettrico, attraverso un gel di agarosio.

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Endonucleasi

Le endonucleasi sono enzimi idrolitici identificati negli anni settanta, che scindono il legame fosfodiesterico all'interno di una catena polinucleotidica, dividendola in due polimeri, a differenza delle esonucleasi che ne distaccano il nucleotide terminale.

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Enzima

In biochimica, si definisce enzima un catalizzatore dei processi biologici. Gli enzimi sono costituiti da proteine globulari idrosolubili in grado di catalizzare una reazione chimica similmente ai ribozimi, che invece sono costituiti da molecole di RNA.

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Epigenetica

Lepigenetica (dal greco ἐπί, epì, «sopra» e γεννητικός, gennitikòs, «relativo all'eredità familiare») è una branca della genetica che si occupa dei cambiamenti fenotipici ereditabili da una cellula o un organismo, in cui non si osserva una variazione del genotipo.

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Fago T7

Il fago T7 è un virus batteriofago che infetta Escherichia coli ed altri batteri enterici. Esso è costituito da un genoma di DNA a doppio filamento (dsDNA) lineare (virus della Classe I secondo la classificazione di D. Baltimore) con una dimensione di circa 40 paia di kilobasi (kbp).

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Genentech

Genentech Inc. (nome nato dalla contrazione di Genetic Engineering Technology) è una società specializzata in attività biotecnologiche fondata nel 1976 dal capitalista Robert A. Swanson e dal biochimico Dr.

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Genetica

La genetica (ghénesis, «genesi, origine») è la branca della biologia che studia i geni, l'ereditarietà e la variabilità genetica negli organismi viventi.

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Genoteca

Una genoteca è una collezione di geni o di frammenti genici o genomici, ciascuno clonato in un vettore di clonaggio. Un aspetto importante di una libreria genica è la sua rappresentatività: infatti si dice rappresentativa quando contiene almeno una copia di tutte le possibili sequenze.

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Hamilton Smith

Si è diplomato alla University Laboratory High School di Urbana, Illinois. Ha frequentato la Università dell'Illinois (Urbana-Champaign), ma nel 1950 si è trasferito alla Università della California (Berkeley), dove ha raggiunto il Bachelor of Arts in matematica nel 1952.

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Ingegneria genetica

Con il termine generico di ingegneria genetica (più propriamente tecnologia del DNA ricombinante) si fa riferimento ad una branca delle biotecnologie che consiste in un insieme molto eterogeneo di tecniche che permettono di isolare geni, clonarli, introdurli in un organismo esologo (differente dall'ospite originale).

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Metilazione

Il termine metilazione è usato in chimica per definire l'addizione o la sostituzione di un gruppo metile su vari substrati. Si tratta di un termine comunemente utilizzato in chimica, biochimica, e scienze biologiche.

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Metiltransferasi

Un gruppo metile Una metiltransferasi è un enzima appartenente alla classe delle transferasi, in grado di trasferire un gruppo metile da una molecola donatrice ad un accettore.

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Mutagenesi sito specifica

La mutagenesi sito specifica è una tecnica di biologia molecolare in cui una mutazione è creata in modo selettivo in un particolare sito di una molecola di DNA, solitamente un plasmide.

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Organismo geneticamente modificato

Un organismo geneticamente modificato (OGM) è un organismo vivente che possiede un patrimonio genetico modificato tramite tecnologia del DNA ricombinante, che consente l'aggiunta, l'eliminazione o la modifica di elementi genici.

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Plasmid Rescue

La tecnica del plasmid rescue è una tecnica usata nei laboratori di genetica, per clonare sequenze di DNA d'interesse che sono state "pescate" con la metodologia della trap mutagenesis.

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Polimorfismo (biologia)

Il polimorfismo in biologia si verifica quando due o più fenotipi diversi esistono contemporaneamente in almeno l'1% degli individui nella stessa popolazione.

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Polimorfismo a singolo nucleotide

Un polimorfismo a singolo nucleotide (spesso definito in inglese single-nucleotide polymorphism o SNP, pronunciato snip) è un polimorfismo, cioè una variazione, del materiale genico a carico di un unico nucleotide, tale per cui l'allele polimorfico risulta presente nella popolazione in una proporzione superiore all'1%.

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Proteine

In chimica, le proteine (o protidi) sono macromolecole biologiche costituite da catene di amminoacidi legati uno all'altro da un legame peptidico (ovvero un legame tra il gruppo amminico di un amminoacido e il gruppo carbossilico dell'altro amminoacido creato attraverso una reazione di condensazione con perdita di una molecola d'acqua).

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Reazione a catena della polimerasi

La reazione a catena della polimerasi, in breve PCR (dall'inglese polymerase chain reaction), è una tecnica di biologia molecolare che consente la moltiplicazione (amplificazione) di frammenti di acidi nucleici dei quali si conoscono le sequenze nucleotidiche iniziali e terminali.

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Recombineering

Recombineering (da recombination engineering, ingegneria di ricombinazione) è una tecnica di modificazione del DNA basata sulla ricombinazione omologa dell'Escherichia coli.

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Repliconi autonomi

I repliconi autonomi sono molecole di DNA che vengono replicate dall'apparato metabolico della cellula che li ospita ma non fanno parte del genoma standard di quella specie.

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Ribonucleasi

Le ribonucleasi, abbreviate comunemente RNasi, sono delle nucleasi che catalizzano l'idrolisi dell'acido ribonucleico (RNA) che viene così scisso in componenti più piccoli.

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Ribotipia

La ribotipia è una metodologia genomica di tipizzazione batterica nel processo di diagnosi. La tecnica prevede l'utilizzo di sonde universali che mirano i domini specifici altamente conservati di rRNA.

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Ronald W. Davis

Davis è un ricercatore di biotecnologie e genetica molecolare, particolarmente attivo nello studio del genoma umano e del genoma di lievito e nello sviluppo di nuove tecnologie nel campo della genomica, con più di 30 brevetti nel campo delle biotecnologie.

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Salvatore Luria

È stato una delle figure centrali nello sviluppo delle scienze della vita del XX secolo e i suoi lavori sui fagi e sui batteri hanno gettato le basi per la nascita della genetica batterica e della virologia come discipline indipendenti.

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Sequence-Tagged Sites

Sequence-Tagged Sites o Siti con Sequenza Etichettata o STS costituiscono una tipologia di marcatori genetici costituiti da una sequenza unica nel genoma, di dimensione compresa tra 200 e 300 paia di basi, che possono essere individuati mediante PCR.

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Sequenza Alu

Una sequenza Alu è una breve sequenza interspersa di DNA (SINE) originariamente caratterizzata come sito di taglio riconosciuto dall'endonucleasi Alu, un enzima di restrizione.

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Sequenze palindromiche

Una sequenza palindromica è una regione della struttura primaria del DNA costituita da due successioni di basi ripetute ed invertite.

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Sindrome di Prader-Willi

La sindrome di Prader Willi (abbreviato PWS: Prader Willi Syndrome) è una malattia genetica rara (colpisce 1 su 15.000-25.000 nati vivi), caratterizzata dall'alterazione del cromosoma 15.

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Sito di restrizione

Un sito di restrizione viene definito come una particolare sequenza di DNA (da 4 a decine di paia di basi in lunghezza) riconosciuta da un enzima di restrizione o endonucleasi come il punto in cui tagliare la molecola di DNA.

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Sito multiplo di clonaggio

Il sito multiplo di clonaggio (in inglese polylinker o multiple cloning site, MCS) è una regione del plasmide nella quale può essere inserito un DNA esogeno (10-11Kb).

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Southern blot

Il Southern blotting è una metodologia usata in biologia molecolare per rilevare la presenza di specifiche sequenze di DNA in una miscela complessa.

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Storia della biologia

La storia della biologia traccia l'itinerario degli studi compiuti dall'uomo, sin dall'antichità e fino ai tempi moderni, intorno agli organismi viventi.

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SYBR Green

Il SYBR Green I è un composto organico aromatico (formula molecolare C32H37N4S) facente parte del gruppo delle cianine asimmetriche, molecole dotate di attività fluorofora ed è utilizzato in biologia molecolare quale colorante di acidi nucleici.

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Talen

Talen è una suddivisione dell'India, classificata come nagar panchayat, di 9.098 abitanti, situata nel distretto di Rajgarh, nello stato federato del Madhya Pradesh.

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Tecnologia del DNA ricombinante

La tecnologia del DNA ricombinante rientra nelle tecniche utilizzate in biologia molecolare e/o genetica molecolare per manipolare molecole di acidi nucleici, fondamentalmente il DNA.

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Terapia genica

Con terapia genica si intende la modifica del materiale genetico (DNA) all'interno delle cellule al fine di poter curare delle patologie (es. malattie genetiche).

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Tracheomalacia

La tracheomalacia è una condizione o un incidente in cui la cartilagine che mantiene aperta la trachea dei vertebrati è morbida in modo tale che la trachea collassi parzialmente soprattutto durante l'aumento del flusso d'aria.

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Variable Number of Tandem Repeat

In biologia molecolare, la sigla VNTR (dall'inglese Variable Number of Tandem Repeats, numero variabile di ripetizioni in tandem) viene utilizzata per indicare polimorfismi del DNA in cui la differenza tra le diverse varianti non è data da un cambio nucleotidico (come è invece per i SNP - polimorfismi a singolo nucleotide - o gli RFLP) ma dalla ripetizione in tandem di specifiche sequenze nucleotidiche.

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Vettore (biotecnologie)

Nell'ambito della biologia molecolare ci si riferisce al termine vettore per indicare un sistema capace di trasportare sequenze di DNA di interesse all'interno di un organismo estraneo e permettere l'espressione dei geni o l'integrazione degli stessi nell'organismo target.

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Vettori di clonazione

I vettori di clonaggio sono particolari molecole di DNA, naturale o anche artificiale, impiegate nelle tecnologie molecolari di clonaggio. Esistono differenti tipi di vettori di clonaggio.

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Vincitori del premio Nobel per la medicina

La voce presenta un elenco dei vincitori del Premio Nobel per la fisiologia o la medicina. Il Premio viene assegnato annualmente dall'Istituto Karolinska, e non dall'Accademia reale svedese delle scienze, come avviene per la maggior parte dei premi Nobel.

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Virus (biologia)

Un virus (dal latino vīrus, "veleno") è un'entità biologica con caratteristiche di simbionte o parassita obbligato, in quanto si replica esclusivamente all'interno delle cellule degli organismi.

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Werner Arber

Nel 1949 si iscrive al politecnico federale di Zurigo per studiare chimica e fisica. Docente di genetica molecolare dal 1959 al 1970 all'Università di Ginevra, nel 1971 si trasferisce a Basilea per insegnare microbiologia nell'università omonima.

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5-metilcitosina

La 5-metilcitosina (5mC) è una forma metilata della base azotata citosina nella quale un gruppo metile è attaccato al carbonio 5. Tale conformazione, che modifica sensibilmente la struttura della citosina, non ne modifica in ogni caso le proprietà di appaiamento con la guanina.

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Conosciuto come Deossiribonucleasi sito-specifica II, Enzima di restrizione, Enzima di restrizione di tipo II, Enzimi di restrizione.

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