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Struttura secondaria

Indice Struttura secondaria

La struttura secondaria di una proteina può essere di tre diversi tipi: α-elica, struttura β e tripla elica allungata. Tutte queste strutture posseggono delle topologie con geometrie ben definite e fisse nel tempo (nel senso che non variano e sono visibili ai raggi X).

Indice

  1. 41 relazioni: Alanina, Alfa elica destrorsa, Area superficiale accessibile, Biochimica, Biomolecola, Cheratina, Chimica, COX-1, Criptocromi, Cronologia della chimica, Cronologia di biologia e biochimica, Denaturazione delle proteine, Dicroismo circolare, Dominio (biochimica), Elica-giro-elica, Foglietto β, Globulo fuso, Grafico di Ramachandran, HMGB1, Informazione mutua, Legame a idrogeno, Monellina, Nanotecnologia del DNA, Parvalbumina, Ponte disolfuro, Predizione di struttura proteica, Proteina globulare, Proteine, Ribonucleasi, Ribozima hairpin, Ripiegamento (chimica), Ripiegamento delle proteine, RNA messaggero, RNA transfer, Struttura primaria, Struttura quaternaria, Struttura supersecondaria, Struttura terziaria, Thomas Cech, Virus del sarcoma di Rous, William Astbury.

Alanina

L'alanina è un amminoacido utilizzato dagli esseri viventi per la sintesi delle proteine. Viene indicato comunemente con le sigle A o Ala ed è codificato sull'RNA messaggero dai codoni GCU, GCC, GCA e GCG.

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Alfa elica destrorsa

L'α elica destrorsa è l'α elica che si trova in tutte le proteine umane tranne rare eccezioni ed è la struttura secondaria più presente nelle proteine globulari, rappresentando circa un terzo dei residui.

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Area superficiale accessibile

L'area superficiale accessibile (ASA, dall'inglese accessible surface area) è l'area superficiale di una molecola che è accessibile a un solvente.

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Biochimica

La biochimica o chimica biologica è la branca della chimica e della biologia che studia le reazioni chimiche complesse che danno origine alla vita: oggetto di studio sono la struttura e le trasformazioni dei componenti delle cellule, come proteine, carboidrati, lipidi, acidi nucleici e altre biomolecole.

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Biomolecola

Una biomolecola è un composto chimico che riveste un ruolo importante negli esseri viventi. Le biomolecole sono composte essenzialmente da carbonio (infatti si parla di scheletro carbonioso) e idrogeno, cui sono spesso associati azoto, ossigeno, fosforo e zolfo.

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Cheratina

La cheratina (dal greco: κέρας.

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Chimica

La chimica (da kemà, il libro dei segreti dell'arte egizia, da cui l'arabo "al-kimiaa" "الكيمياء") è la scienza naturale che studia la composizione, la struttura e le proprietà della materia, sia essa in forma di elementi, specie, composti, miscele o altre sostanze, e i cambiamenti che questi subiscono durante le reazioni e il loro rapporto con l'energia chimica.

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COX-1

La COX-1, abbreviazione di ciclossigenasi 1, è una delle forme isoenzimatiche della prostaglandina-endoperossido sintasi, assieme alle altre forme note COX-2 e COX-3.

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Criptocromi

I criptocromi o crittocromi formano una classe di flavoproteine che sono state trovate in molte piante ed animali e che vengano eccitate dalla luce blu e verde da 400-500 nm dello spettro visibile.

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Cronologia della chimica

Questa cronologia della chimica elenca scoperte, idee, invenzioni, esperimenti e contributi importanti che hanno significativamente cambiato le conoscenze umane nel campo della chimica, scienza moderna definita come studio scientifico della composizione della materia e delle sue trasformazioni.

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Cronologia di biologia e biochimica

Questa cronologia prende in considerazione i principali eventi di biologia e biochimica, partendo dalla preistoria fino ad arrivare ai giorni nostri.

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Denaturazione delle proteine

La denaturazione delle proteine è un fenomeno chimico che consiste nel cambiamento della struttura proteica nativa, con conseguente perdita della funzione originaria della molecola.

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Dicroismo circolare

In chimica il dicroismo circolare, sigla CD dall'inglese circular dichroism, è il fenomeno di assorbimento differente da parte di una sostanza chirale delle due componenti, destra e sinistra, della luce polarizzata circolarmente.

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Dominio (biochimica)

In biologia molecolare, un dominio proteico è una regione della catena polipeptidica di una proteina che si auto-stabilizza e si ripiega indipendentemente dal resto della proteina.

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Elica-giro-elica

Il repressore lambda, con la sua caratteristica struttura elica-giro-elica, legato al proprio DNA bersaglioRealizzato a partire dalla entry http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId.

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Foglietto β

Il β-foglietto o foglietto beta o struttura β a pieghe è la seconda forma più diffusa di struttura secondaria delle proteine (la prima è l'alfa elica), che consiste di più filamenti β disposti uno accanto all'altro e collegati tra loro da tre o più legami idrogeno che formano una struttura planare molto compatta.

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Globulo fuso

Per globulo fuso (o molten globule) si intende una proteina in uno stato stabile di parziale avvolgimento che si verifica in condizioni di basso pH (generalmente pH.

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Grafico di Ramachandran

raggi di van der Waals dei gruppi laterali come avviene nel caso delle α eliche sinistrorse. Il grafico di Ramachandran, ideato da Gopalasamudram Narayana Iyer Ramachandran, è un metodo di visualizzazione delle combinazioni degli angoli diedri Ψ (psi) e Φ (phi) dei residui amminoacidici ammesse all'interno di una struttura polipeptidica e ne identifica quindi tutte le conformazioni assumibili.

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HMGB1

La proteina HMGB1 (High Mobility Group Box 1), nota in precedenza come HMG1 (High Mobility Group 1) e anfoterina, è una proteina strutturale, non istonica, della cromatina, membro della famiglia delle proteine High Mobility Group (ad alta mobilità elettroforetica), e in particolare della sottofamiglia HMGB (proteine contenenti un dominio HMG-box di legame con il DNA), codificata dal gene omonimo.

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Informazione mutua

Nella teoria della probabilità e nella teoria dell'informazione, l'informazione mutua (in passato detta anche transinformazione) di due variabili casuali è una quantità che misura la mutua dipendenza delle due variabili.

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Legame a idrogeno

Il legame a idrogeno o ponte a idrogeno è un caso particolare di forza intermolecolare (ma nei casi opportuni anche intramolecolare) di Keesom (per la sua intensità viene spesso considerato a parte, seppur rientri in questa categoria) in cui è implicato un atomo di idrogeno coinvolto in un legame covalente con elementi molto elettronegativi (come fluoro (F), ossigeno (O), azoto (N)), i quali attraggono a sé gli elettroni di valenza, acquisendo una parziale carica negativa (delta-) lasciando l'idrogeno con una parziale carica positiva (delta+).

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Monellina

La monellina è una proteina dolce che è stata scoperta nel 1969 nel frutto di un arbusto dell'Africa occidentale, Dioscoreophyllum cumminsii, conosciuto con il nome bacca della serendipità; all'inizio era stata considerata un carboidrato.

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Nanotecnologia del DNA

La nanotecnologia del DNA è un ramo della nanotecnologia che utilizza le singole proprietà di riconoscimento molecolare del DNA e altri acidi nucleici per creare strutture progettate, controllabili fuori dal DNA.

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Parvalbumina

La parvalbumina è una proteina a basso peso molecolare (tipicamente 9-11 kDa) appartenente alla famiglia delle albumine e in grado di legare il calcio.

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Ponte disolfuro

In biochimica, un disolfuro (anche detto ponte disolfuro o legame disolfuro) si riferisce a un gruppo funzionale con la struttura R-S-S-R^. Il collegamento è anche chiamato legame SS o talvolta ponte disolfuro ed è solitamente derivato dall'accoppiamento di due gruppi tiolici.

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Predizione di struttura proteica

Per predizione di struttura proteica (protein structure prediction) s'intende la predizione della struttura tridimensionale d'una proteina, a partire dalla sua sequenza aminoacidica, ossia la predizione della sua struttura secondaria, terziaria, quaternaria, partendo dalla sua struttura primaria.

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Proteina globulare

Le proteine globulari sono proteine costituite da varie e complesse strutture secondarie, nelle quali le catene polipeptidiche tendono ad avvolgersi su se stesse.

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Proteine

In chimica, le proteine (o protidi) sono macromolecole biologiche costituite da catene di amminoacidi legati uno all'altro da un legame peptidico (ovvero un legame tra il gruppo amminico di un amminoacido e il gruppo carbossilico dell'altro amminoacido creato attraverso una reazione di condensazione con perdita di una molecola d'acqua).

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Ribonucleasi

Le ribonucleasi, abbreviate comunemente RNasi, sono delle nucleasi che catalizzano l'idrolisi dell'acido ribonucleico (RNA) che viene così scisso in componenti più piccoli.

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Ribozima hairpin

Il ribozima hairpin (letteralmente "ribozima a forcina") è un ribozima dalla struttura secondaria molto complessa. Il core di questo ribozima include due loop non appaiati appoggiati sulle adiacenti braccia di una giunzione con quattro eliche.

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Ripiegamento (chimica)

In chimica il ripiegamento è il processo con il quale una molecola assume la propria forma o conformazione. Il processo può essere descritto come un auto-assemblamento intramolecolare dove la molecola è guidata ad assumere una specifica forma attraverso interazioni non covalenti, come legami ad idrogeno, coordinazione di metalli, forze idrofobiche, forze di Van der Waals, interazioni π-π o elettrostatiche.

Vedere Struttura secondaria e Ripiegamento (chimica)

Ripiegamento delle proteine

Il ripiegamento di proteine o ripiegamento proteico (in inglese protein folding) è il processo di ripiegamento molecolare attraverso il quale le proteine ottengono la loro struttura tridimensionale.

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RNA messaggero

L'RNA messaggero (noto con l'abbreviazione di mRNA o con il termine più generico di trascritto) è un tipo di RNA che codifica e porta informazioni durante la trascrizione dal DNA ai siti della sintesi proteica, per essere sottoposto alla traduzione.

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RNA transfer

L'RNA transfer (o RNA di trasporto), abbreviato in tRNA, è una piccola catena di RNA (costituita da circa 70-90 nucleotidi) che trasferisce un amminoacido specifico di una catena polipeptidica in crescita al sito ribosomiale della sintesi proteica durante la traduzione.

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Struttura primaria

In biochimica, la struttura primaria di una biomolecola è la descrizione esatta della sua composizione atomica e dei legami presenti tra gli atomi (inclusa la stereochimica).

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Struttura quaternaria

La struttura quaternaria è l'organizzazione spaziale di più molecole proteiche in complessi multi-subunità. Le proteine, uguali o diverse tra loro, assumono ciascuna la propria struttura terziaria, ma possono organizzarsi in strutture ancora più complesse interagendo tra loro: le interazioni possono essere legami deboli come legami idrogeno e forze di Van der Waals, oppure forti ossia ionico o covalente.

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Struttura supersecondaria

La struttura supersecondaria (o struttura sovrasecondaria o motivo o ripiegamento) sono organizzazioni spaziali costituite da diversi elementi di struttura secondaria e dalle connessioni che li uniscono.

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Struttura terziaria

In biochimica la struttura terziaria di una proteina costituita da una singola catena è la sua disposizione nello spazio tridimensionale.

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Thomas Cech

Il suo nome è legato principalmente a studi di biologia molecolare sulla trascrizione genica e sulle modificazioni che portano alla formazione, nel nucleo cellulare, di mRNA maturo a partire dal suo neosintetizzato precursore, in particolare sul meccanismo di splicing.

Vedere Struttura secondaria e Thomas Cech

Virus del sarcoma di Rous

Il virus del sarcoma di Rous (RSV, Rous Sarcoma Virus) (/raʊs/) è un retrovirus ed è il primo oncovirus ad essere stato descritto. Causa il sarcoma nei polli.

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William Astbury

Il suo lavoro sulla cheratina fornì dapprima le basi per la scoperta dell'alfa elica da parte di Linus Pauling. A partire dal 1937 i suoi studi si focalizzarono invece sul DNA, contribuendo notevolmente alla definizione della sua struttura.

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Conosciuto come Strutture secondarie.