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Inferenza bayesiana in filogenesi

Indice Inferenza bayesiana in filogenesi

L'inferenza bayesiana in filogenesi è uno dei metodi più all'avanguardia usati per la costruzione di alberi filogenetici. Si basa sul teorema di Bayes e permette di condurre un'analisi a posteriori dei dati in possesso del ricercatore, e di risolvere alcuni problemi tipici della ricostruzione filogenetica.

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  1. 15 relazioni: Albero filogenetico, Catena di Markov Monte Carlo, Cladistica, Criterio della massima parsimonia, Dataset, Filogenesi, Filogenesi molecolare, Guglielmo di Occam, Inferenza bayesiana, Metodo della massima verosimiglianza, Probabilità a posteriori, Processo markoviano, Teorema di Bayes, Thomas Bayes, Willi Hennig.

Albero filogenetico

Un albero filogenetico è un diagramma che mostra le relazioni fondamentali di discendenza comune di gruppi tassonomici di organismi. La rappresentazione delle relazioni in questa forma (di derivazione dall'uso precedente nell'albero genealogico) è tipica della visione evoluzionistica espressa secondo i suoi concetti iniziali, secondo la quale lo sviluppo delle forme di vita è avvenuto a partire da un progenitore comune (il tronco o la base dell'albero, altrimenti detta radice), il quale ha dato origine per speciazione a diverse linee di discendenza, fino ad arrivare alle specie attualmente esistenti (le cime dell'albero, altrimenti dette ramificazioni terminali).

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Catena di Markov Monte Carlo

I metodi Monte Carlo basati su Catena di Markov (MCMC) sono una classe di algoritmi per il campionamento da distribuzioni di probabilità basata sulla costruzione di una catena di Markov avente come distribuzione di equilibrio (o stazionaria) la distribuzione desiderata.

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Cladistica

La cladistica, o tassonomia cladistica (dal greco κλάδος.

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Criterio della massima parsimonia

Il criterio della massima parsimonia, utilizzato negli studi di biologia evolutiva, nella sua forma più generale afferma che, tra le possibili ipotesi filogenetiche, sia opportuno scegliere quella più semplice in grado di spiegare i dati rilevati.

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Dataset

Un dataset è una collezione strutturata di dati, generalmente di grandi dimensioni e organizzata in forma relazionale. Più comunemente un dataset costituisce un insieme di dati strutturati in forma relazionale, cioè corrisponde al contenuto di una singola tabella di base di dati, oppure ad una singola matrice di dati statistici, in cui ogni colonna della tabella rappresenta una particolare variabile, e ogni riga corrisponde ad un determinato membro del dataset in questione.

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Filogenesi

La filogenesi (non comune filogenia) è il processo di ramificazione delle linee di discendenza nell'evoluzione della vita. La sua ricostruzione è fondamentale per la sistematica, che appunto si propone di ricostruire le relazioni di parentela evolutiva tra gruppi tassonomici (a qualunque livello sistematico) di organismi.

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Filogenesi molecolare

La filogenesi molecolare è una tecnica avanzata per lo studio della storia evolutiva degli organismi viventi, basata sull'analisi della struttura delle molecole.

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Guglielmo di Occam

Occam è l'autore di quel principio metodologico di filosofia, conosciuto come rasoio di Occam, che prescrive di non postulare o ammettere entità non necessarie quando si cerca di spiegare un fenomeno.

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Inferenza bayesiana

L'inferenza bayesiana è un approccio all'inferenza statistica in cui le probabilità non sono interpretate come frequenze, proporzioni o concetti analoghi, ma piuttosto come livelli di fiducia nel verificarsi di un dato evento.

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Metodo della massima verosimiglianza

Il metodo della massima verosimiglianza, in statistica, è un procedimento matematico per determinare uno stimatore. Caso particolare della più ampia classe di metodi di stima basata sugli stimatori d'estremo, il metodo consiste nel massimizzare la funzione di verosimiglianza, definita in base alla probabilità di osservare una data realizzazione campionaria, condizionatamente ai valori assunti dai parametri statistici oggetto di stima.

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Probabilità a posteriori

In statistica bayesiana, la probabilità a posteriori di un evento aleatorio o di una proposizione incerta, è la probabilità condizionata che è assegnata dopo che si è tenuto conto dell'informazione rilevante o degli antefatti relativi a tale evento aleatorio o a tale proposizione incerta.

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Processo markoviano

Si definisce processo stocastico markoviano (o di Markov), un processo aleatorio in cui la probabilità di transizione che determina il passaggio a uno stato di sistema dipende solo dallo stato del sistema immediatamente precedente (proprietà di Markov) e non da come si è giunti a questo stato.

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Teorema di Bayes

Il teorema di Bayes (pronuncia:,; conosciuto anche come formula di Bayes o teorema della probabilità delle cause), enunciato da Thomas Bayes (1702-1761), discende da due risultati fondamentali della teoria della probabilità: il teorema della probabilità composta e il teorema della probabilità assoluta.

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Thomas Bayes

Deve la sua fama ai suoi studi nel campo della matematica e della filosofia; è noto soprattutto nella statistica per il teorema di Bayes, vertente sulla probabilità condizionata, pubblicato postumo nel 1763.

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Willi Hennig

Willi Hennig nacque in un piccolo villaggio della Sassonia in una famiglia di modeste condizioni economiche: il padre, Karl Ernst Emil Hennig, era ferroviere; la madre, Marie Emma Groß, cameriera.

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